Mặc dù có những đặc điểm tương đồng nhưng FreeBSD khác so với Linux:

• FreeBSD là một hệ điều hành hoàn chỉnh, trong khi Linux là một nhân (kernel) của hệ điều hành; thực ra Linux kết hợp với bộ các phần mềm GNU tạo nên hệ điều hành GNU/Linux.
• FreeBSD được phát triển bởi một số nhất định các thành viên có chuyên môn trong nhóm; trong khi Linux thuộc quyền sở hữu của Linus Torvalds nhưng các phần mềm Linux không hạn chế số người viết.
• Hệ thống gói chương trình (BSD ports); so với các gói deb của Debian/Ubuntu hoặc rpm của Red Hat/Fedora Core.
• Thông thường các file (nhị phân) chạy được trên Linux thì cũng chạy được trên FreeBSD, nhưng ngược lại thì không được.